Conforme al artículo 113 del Estatuto Orgánico de la Universidad de Costa Rica, el Consejo de Sede Regional estará integrado por: El Director de la Sede, quien preside; el Subdirector de la Sede; los Coordinadores Generales y una representación estudiantil no mayor del 25% del número total de los profesores miembros de dicho Consejo.
Además forman parte del Consejo de Sede, el Director de la Finca Experimental de Santa Cruz y el Coordinador General del Recinto de Santa Cruz.