La Sede Regional de Guanacaste se organiza para su funcionamiento académico en departamentos y secciones.

Los departamentos son divisiones académicas especializadas que agrupan profesores y cursos de determinadas disciplinas iguales o afines para desarrollar docencia, investigación y acción social. En todas las situaciones, los departamentos agrupan carreras propias de la Sede Regional,  descentralizadas o desconcentradas de una facultad (no dividida en escuelas), de una escuela, según lo acordado por el Consejo Universitario.