La Sede Regional de Guanacaste forma parte de la Universidad de Costa Rica y depende directamente de la Rectoría. Su estructura de gobierno está conformada por órganos colegiados y autoridades que garantizan la conducción académica y administrativa de la institución.
A nivel de Sede Regional, el órgano superior de decisión es la Asamblea de Sede, seguido por la Dirección de Sede y el Consejo de Sede. A partir de esta estructura, la Sede se organiza en Coordinaciones Generales, así como en Departamentos y Secciones Académicas que agrupan carreras, cursos y proyectos. En el ámbito administrativo, la Sede cuenta con secciones especializadas que brindan soporte integral a la actividad académica y estudiantil.
